結さん、こんにちわ。

私は理学部の化学に所属していて、来年からは研究職に就くので結さんのような研究職希望の女の子がいてくれてとても嬉しいです。

一言で言えばどちらでも研究職には就けます。
企業に行きたいなら、工学部の方が若干有利だと理学部に在籍する私は思います。
でもどちらの出身でも大学に残って研究職に就く、つまり教授になれる可能性はあります。

内容の違いは理学部の方が基礎化学にと呼ばれる研究に力を入れている事かと思います。
工学部の研究は、どちらかと言えば明日役に立つ化学、例えばバイオ系だったり、環境エネルギー関係の研究だったりと、今の工業が発展するような研究が多いです。
理学部はもっと基礎的な、物質の性質だったり、自然界のメカニズムを解明したりと、もちろん新たなものづくりも行いますが、明日すぐ役に立つものでなくても、今までに作られていないものを、新たな可能性に挑戦する、そういった視点で研究を行なっています。
あくまでもこれは根本的に流れる違いというだけで、実際にはどちらの学部でも似たような研究を行なっている例はいくらでもあります。
また、授業にも少し違いがあります。
工業には、工業化学という、「この反応を工場スケールに応用したらどうなるか？」など実際の現場を考えた授業もあるそうですが、理学部にはありません。
しかし理学部では、もっと基礎的な化学、同じ化学でも多岐に渡っているので、その細かい分野を工学部より詳しく勉強することになります（例えば、物理化学や生化学などですね）。

結さんがどちらが好みか、どんなことに興味を持っているか、で決められれば良いと思います。
化学の中でもどんなことに興味があったり、好きだったりしますか？
それが決まっていれば、実際に大学のHPなどを見て研究室の紹介を見て決めたらどうかな、と思います。
私自身は高校の頃錯体化学というものに出会い、錯体化学の研究室のある大学で、自分が行ける範囲で絞りました。

また現実的な事を言えば、恐らく工学部の方が女の子は少ない、少なくとも教授になる為に必要な博士課程というコースに行く人は、女性だけでなくすすむ人自体凄く少ないと聞いています。
実際、私は理学部ですが同級生に女の子はいません。
なので女の子で研究職を目指している人なんてとても応援したくなります。
頑張って、夢を叶えて下さい！