こんにちは！

私は化粧品メーカーではありませんが、大手の会社に勤めてソフトの開発をして来ました。
関西の大学出身でこちら（東京）に勤めている理系女子も普通にいました。男子もいましたし、逆パターン（関東の大学出身で関西勤務）も。
もちろん会社の方針によりますが、きちんと希望を伝えてそれが妥当であれば、出身地で配属を制約するなんてケースは、大きな会社ではむしろ稀なのではないかと思います。

「大手の会社」と「一流大学」の相関関係ですが、やはり会社側は、多数の志望者の中から少しでも良い人材が欲しいわけですので、「出身大学」を１つのフィルターにするのは事実です。
その出身大学の先輩たちがその会社で良い仕事をしていたらなおのこと、会社が大学を1つの人材判断の指標にするのも、やむを得ないところです。

ただ企業は、出身大学だけでは測れない「”さらに”良い人材」を求めるのに必死でもあります。
ここで「さらに良い人材」とは何か？ですよね。

私は長年のマネジメント経験から、新入社員を多数見て来ました。
そこで求めるものとしては、ベーシックな技術力が必要なのは当然ですが、これは言ってみれば「どんぐりのせいくらべ」であり「入社後にきたえる」わけですからあまり重要ではなくて、あとはたとえば、

・　「出る杭」になることに対して臆さない人。挑戦ができる人。
・　発想力があって自分の意見を持ち、それを発信することができる人。
・　コミュニケーション力があって、人との関わりにおいて想像力や思いやりが持てる人。

このような「人間力」が非常に重要になります。
語弊があるかも知れませんが、「良い大学を出た、育ちの良い、お行儀の良い人」は、ソツがあっても、このようなパンチ力に欠くことが少なくありません。
結果、企業は一流大学だけではない人も採用してパンチ力を見たりして（？）適材適所をすることになります。
今や、TOEICの点数や短期海外留学の「経験」だけでは就職戦線での差別化は必ずしも容易ではありません。（無いよりは、あった方が良いかも知れませんが、希少価値ではなくなっています。）
大学生活で個性を磨き、「その他おおぜい」にならない事が、大きな会社では特に、欲しい人材への近道ではないかと思います。

こんにちは。
結論を２つほど。
＞大学が関西方面なら 関東方面での就職は不利でしょうか？？
大阪か神戸周辺に進学なさるならそこまで不利ではありません。ただ、東京が本社ですと、２次面接か３時面接以降、東京に呼び出されるので、交通費などもかかり大変です。
大阪で最終以外面接をしてくださる会社もありますが、そんなにありません。

＞大手の会社に就職するには 一流大学を卒業しなければ 無理なのでしょうか？？
無理ではありません。ただ、大変です。
しよさんは、研究者ご希望ですから、そこまでではないですが（文系の方などが志望する総合職ですとかなり無理ですが）、
それでも、貴女が本気で大手化粧品会社に行かれたいのでしたら、上の大学であればあるほど良いです。「大学不問です！」なんといいますがそれはそれ。結局東大や東工大の学生の方が欲しいのです。
また、そこまで一流大学でなくても、「関連研究をしている」ことが鍵となります。研究職は特に専門性がある人意外は落とされやすいです。
大学で勉強したことなど、社会に出るとその会社のルールやなんかがあって学びなおしだから関係ない、なんてことが言われますが、それは総合職の話です。

なので、是非少しでも良い大学に入れるよう努力することをオススメします。
そして化粧品会社の研究者希望ということなので、化学系の関連する研究が出来る大学の教授を探してください。