こんにちは。私の友人も土木系ですが、最近、土木系も徐々に女性が増えてきましたね。
ちなみに東京大学の土木学科は今、「社会基盤学科」といいますが、わかりにくい名前かもしれませんね。英語名で「CIVIL ENGINEERING」と書いてあれば土木工学です。

さて、検索による情報ですみませんが、京都大学工学部のホームページによりますと、地球工学科の中に土木工学コースと資源工学コースと環境工学コースがあります。
沿革に、「地球工学科が、土木、交通土木、衛生、資源の4学科を統合した新たな学部教育組織として、平成8年（1996年）に発足した」と書かれています。
したがって、お探しのところは、京都大学工学部地球工学科になると思います。ホームページ内に、受験生の方向けページもありますのでチェックしてみてください。