紗衣さんこんにちわ。
大学で理学の化学を専攻しているcynthiaと言います。
あくまで私の知る範囲、感じる範囲なので、すべてが当てはまる訳ではないのですが、参考になればと思います。

まず、化学は理学部に属しているので、同じ化学の中でも物理学や数学に近い知識をたくさん学びます。同じ化学でも生物化学や物理化学など基礎的な研究を行うのに必要な授業が多いです。
一方応用化学は工学部に属しているので、応用につながるような授業が多いです。例えば、実験室でやるビーカーとか小さなスケールの研究を、工場のような大きなスケールで生産したらどんな問題出るか？などの授業もやるそうです。
こうザックリ言ってよいものかわかりませんが、一言で言えば理学の化学ではいつ役立つがわからないけれど、理学全体の知識にとってプラスになるような事をやり、工学の応用化学では直接的により良い暮らしを与えるようなことにつながるような事をしていると思います。

就職に関しては、大学に残って研究を続ける研究職が良いと思えば理学の化学ですし、企業の研究職が良いとなれば工学の応用化学の方が良いと思います。
私のいる大学に関してですが、理学部の化学科はあまり企業への就職に力を入れてませんが、工学の方はインターンシップが単位になっているなど就職に力を入れています。