私の夫は新薬開発です。
今の職場ではほとんどが大学で有機合成化学を学んだ人が創薬研究といって、新しい薬のもとをつくっています。（まだ薬になるかどうかわからない段階です）
製薬会社以外にとなると大変でしょうが、大学に残って新薬をみつけることは可能だと思います。（共同研究からみて）
ただし、その場合有機合成（化学系）ではなく、医学部が多いと思われます。

日本のように資源の少ない国では高付加価値産業、創薬などがもっとも産業として適していますし、世界中で人の命を救える薬を作れたら本当にステキですよね。イリアさんのような人がもっともっと、ふえるといいなと思っています。
うれしくてお返事しています。

ご質問にもあるように、日本の製薬企業の研究職は,現在、狭き門ですし、外資は日本での研究からは手を引いてしまったので、今後もっと厳しくなる可能性もあり、ご心配かと思います。そんななかで、薬学部でも、化学サイドや製剤・分析といったサイドならば、生物系よりは大企業に入りやすいのは確かです。ただ、生物系では、ベンチャー企業と呼ばれる、つぶれる危険はあるけれど当座先進的な研究ができるところ、は、そこそこ、求人はあります。
つまり、自分の人生で、安定・高収入、を求める場合は製薬の研究職だけに志望を絞るのは比較的ハイリスクとは言えましょう（薬剤師も、うかっておく、とか。まあトップクラスの大学ならどこかは入れるでしょうけど、、、適性がなければ他～MRとか、にまわされますがね）。
しかし、新薬開発のワクワクを求める価値観ならば、ベンチャー（場合によっては渡り歩きでも）というのも,あり、かと思います。
理系のいいところは、基本、手に職、で、できることがふえれば自分の実績として残っていくことです。ですのでたとえ卒後属していたベンチャーがつぶれても、しっかりした技倆・考え方を身につけていれば、それが次の職に応募するときにも生きてきます。
目指すレベルにもよりますがそこそこの収入でよしとするならば、文系職よりも経験が客観評価される分、いいのかな、とも思いますよ（,例えば、技術補佐職で器用で手際がいいという方は、家庭の事情でやめても、また次が紹介されるケースを数件知っています、、、）。
もちろん、まだ若くて可能性があるから、例えば、大学でバリバリ研究して創薬も成功させる、という夢を抱いて猛勉強するのもいいかもしれません（これは、かなり大変。その場合は医学部に行っておいて研究する、またはUSの大学に行く、方が可能性がふえるかと）。

ものを考えるときは対立軸を設定するといいですよ。例えば、弁護士とどちらがいいか、等と聞かれればまた回答は違ってくるし。今は、どんな職も競争率は激しくいので（なったあと収入を確保し続けるのも、です。）、不安になっていても仕方がないようにも思います。しっかり足もとを見て、多角的に自分を磨くこと、に、一生懸命で居続ければ、たとえ目指す職に就けなくても、何度でも新しい夢ができて、未来は開けると思いますよ。

頑張ってくださいね

イリアさんこんにちは。
来春から製薬会社の研究開発職で勤務予定の者です。

まず、新薬の開発プロセスについて簡単にお話させていただきますね。
新薬という形でお薬が世の中に出回るためには
大きく分けて「研究」と「開発」の二つのプロセスを経る必要があります。
研究とは、有用物質の合成や探索、微生物や小動物を用いた試験全般を指します。
効果だけでなく安全性や保存性も検討されます。
開発とは、研究から上がってきた候補物質を人に使用し
法律で決められた試験の下で効果を見ます。治験とも呼ばれます。
研究と開発を経て、お上に承認された物質のみが新薬として世の中に出回ります。
つまりこのプロセスに関わる全ての人が
「新薬を開発できるお仕事」に携わることになります。

研究は他の先輩方がおっしゃるように
製薬会社の研究職または大学に残るという選択肢があります。
というか、その道がほとんど…という印象です。
開発は製薬会社に就職する以外に、CROやSMOという業界で携わることが出来ます。
簡単に言うと、製薬会社が外注した治験を製薬会社の代わりに行うところです。
CROやSMOも製薬会社と同じく
募集条件を理系に限定しているところが多いです。
あまり知られていない業界ですが、今後しばらく伸びていく業界だと言われています。
詳しくは調べてみてくださいね。

もし「開発じゃなくて新薬の研究がしたい！」という思いが強いのであれば
製薬会社に就職実績が多い大学に進学し
卒論も修論も精一杯に取り組んで
万全の態勢で就職活動に臨んでくださいね！！
確かに製薬会社の研究職は狭き門ですが
内定を手にする人は毎年一定数いる、つまり募集は継続して行われている訳ですから
その枠を勝ち取るまでです。
頑張ってくださいね！

同じ業界で働けることを楽しみにしています^^*